命令行程序已经不专门用Command目录存放，而是放在32位系统文件的仓库重地——Win 2000安装目录下的system32子目录中，由此可知Win2000的命令行命令已经不再是系统的“小妾”而是被纳为“正房”，而且通过查看system32\dllcache目录可知，
Win2000还将它们列入了受保护的系统文件之列，一旦system32目录中的命令行命令受损，就用该dllcache目录中的备份随即恢复；当然由于Win2000是脱胎于WinNT，所以命令行调用主程序已经不是Win9x时代的command.com，而是类似于NT下的cmd.exe。
2.一些命令只能通过命令行直接执行
如Win9x中的系统文件扫描器sfc.exe是一个Windows风格的对话框界面，而在Win2000中的这条命令却必需在命令行状态手工输入有关参数才能按要求运行，而运行时又是标准的图形界面（如图1）。
3.命令行窗口的使用与以前大不相同
①复制、粘贴操作不同。在窗口状态下，已经不再像Win9x的DOS窗口那样有一条工具栏，因此不少人发现无法在Win2000的命令行窗口中进行复制等操作，其实Win2000的命令行窗口是支持窗口内容的选定、复制、粘贴等操作的，但有关命令却给隐藏了起来。用鼠标对窗口内容的直接操作只能够是选取，即按下鼠标左键拖动时其内容会反白显示，如果再按CTRL+C命令则无法将选取内容复制到剪贴板，而必须在窗口的标题栏上点击鼠标右键，然后选择编辑”，这时才就会看到有关复制、粘贴等操作命令的菜单（如图2）。
②可以前后浏览每一步操作屏幕所显示的内容。这在全屏幕状态下是不行的，必需使用Alt+Enter键切换到窗口状态，这时窗口右侧会出现一个滚动条，拖动滚动条就可前后任意浏览了，但如操作的显示结果太多，则超过内存缓冲的内容会按照FIFO（First in First out,先进先出）原则自动丢弃，使用cls命令后可以同时清除屏幕及缓冲区的内容。
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