(1)系统存在打开的文件时
当有文件打开时请不要使用CHKDSK。因为CHKDSK是假定磁盘文件处于关闭状态而设计的。当有文件打开时，相应的MS－DOS将会修改文件分配表和目录结构。这种改变并不一定立即进行，文件分配表和目录结构的改变发生在不同时刻。因此如果磁盘上文件打开时运行CHKDSK，就会把目录结构和文件分配表的不一致解释为出错，从而导致数据丢失或文件系统的破坏。因此，在运行其它程序，如Microsoft Windows时，千万不要运行CHKDSK。
(2)CHKDSK不能用于分配的驱动器和网络。
CHKDSK不能用于由SUBST命令形成的驱动器工作，也不能用于网络驱动器上的磁盘检查。
(3)物理磁盘错误
CHKDSK命令只能找到文件系统中的逻辑错误，而不能查找物理磁盘错误。要查找物理磁盘错误，请使用SCANDISK程序。
(4)坏磁盘扇区
CHKDSK报告中将坏扇区标记上“bad”，SCANDISK和其它物理磁盘错误修正程序也将坏扇区标记为“bad”，因此坏扇区不会造成危害。
(5)交叉链接的文件
如果有两个文件或目录共用同一磁盘空间的记录，CHKDSK会报告有交叉链接文件。如果CHKDSK发现有交叉链接文件存在，会显示类似如下信息：
<File> is cross linked on allocation unit <number>
CHKDSK不会修补交叉链接文件，即使指定了／F项。要修复交叉链接文件，需要运行SCANDISK程序，或者进行手工修复，然后复制到指定的文件中并删除原文件。
七、应用实例
(1)将CHKDSK的状态报告存入文件
可将CHKDSK状态报告重定向输出到一文件中保存，但注意重定向CHKDSK输出到文件时，不要使用／F开关项。例如：将CHKDSK检查的信息输出到CHK.LIS文件中，其命令为：
C:\DOS>CHKDSK A:>CHK.LIS。
(2)若检查C盘存储多少数据，还有多少剩余空间并修正磁盘错误，可输入如下命令：
CHKDSK C：
当遇到错误时，CHKDSK会暂停并提示信息。
(3)查找文件
利用CHKDSK与FIND命令结合管道功能实现在全盘的文件查找，这一命令格式不仅可以列出所查找文件的所在目录，而且还可以列出各目录中的同名文件，连隐含文件也不例外。值得注意的是使用本命令之前，应先用CHKDSK／F参数修正磁盘错误。例如在C盘上查找README文件，其命令格式如下：
C:>CHKDSK/VIFIND “README”
